Podrás moverlo de disco duro pero siempre terminara en /home/user/public_html o /home2/user/public_html por ejemplo
La mejor forma de manejarlo es poner de dominio principal por ejemplo midominio.local y agregar el dominio público como un adicional (Tener en cuenta los emails creados con el dominio que se está renombrando) ya de esa forma puedes manejar libremente el DocumentRoot de un dominio.