Paso a comentar la solucion que me funciono a mi. Basandome en la solucion que sugirio
@Sommera
Al final cree un subdirectorio en el mismo dominio del sitio que no contaba los clicks, instale una instalacion de cero de WP sin plugins y con el theme por defecto que trae. Puse 2 banners de adsense, redirigi el trafico de dos de los posts mas visitados del blog problematico y espere a que alguien empiece a hacer click en los anuncios del nuevo blog.
Pasadas unas horas vi como empezo a contarlos, al parecer, normalmente. Elimine la redireccion y genere codigos nuevos para todos los anuncios del blog viejo. Hasta ahora esta funcionando normalmente.
Al parecer es como si hubiese quedado congenalo o cacheado el conteo de clicks. Al cambiar de directorio se "destrabo" y comenzo a funcionar.
Asi que gracias
@Sommera querido!